リアルマネートレーディング
ゲーム内の貨幣やアイテムを現実世界で売買する、リアルマネートレード (RMT) と呼ばれる行為がよく問題点として捉えられている。
ＲＭＴ（リアルマネートレーディング）
とはゲーム内の通貨、アイテム等を現実世界の現金にて売買する行為です。現在のオンラインゲームでは避けて通れないのが現状となっています。
又、ＲＭＴについて禁止されているゲームが多い中、公認しているゲームも存在します。
ＲＭＴ自体が日本経済のマーケットの一つとして形成されつつあるように感じています。
税制の面についてもその一つですが、ＲＭＴ自体を現実商売として法人にて運営する企業もあれば、個人間取引もあります。消費税や所得税の問題にも関係してきますね。
現段階ではＲＭＴ自体を無くすのは不可能に近いかと思い、今後は業界、行政の対応が公認に動くのか、それとも規制に動くのか注目しています。（公認に動くのかと書きましたが、現在のＲＭＴに対する対応を見ているとそう思わざるおえません）
他方、チートと呼ばれる不正行為の問題があり、これにおいてはゲーム提供側とチート行為実行者の間でイタチゴッコが続けられている。同行為が横行しやすい（言い換えればゲーム提供側のセキュリティ意識の低い）ゲームでは、利用者離れが発生するケースも見られる（行為の内容に関してはチートの項を参照の事）。
オンラインゲームにおいてゲーム運営・開発者とは、まったく無縁な非公式なサーバが海外・国内を問わず運営する個人や団体が存在する。これもひとつのチートといわれることもある、通常の公式サーバよりも楽にゲームが進むというメリットがあるため手を出してしまうプレイヤーが多いようだ（詳しくは、エミュレータ (コンピュータ)#ゲームサーバエミュレータの項も参照）。
DDoS攻撃などの標的にされる場合もある。2005年4月9日よりはじまった、『ファイナルファンタジーXI』のネットワーク障害や4月16日からの『ラグナロクオンライン』におけるネットワーク障害がこれが原因であるとされる。DDos攻撃はIPアドレスの偽装などを行う為、特定できない場合も多く今後も継続的にこのような攻撃が行われるようならば、プレイ自体できないことに追い込まれ、ゲームとして成り立たなくなってしまう。
管理側だけでなくユーザー側も数々の問題を抱えており、課金を盾に運営会社に対して脅迫まがいの行動に出る者、ユーザーの質が低いと嘆き、精神年齢が子供程度と見られてもおかしくないユーザーが参加し、迷惑を被ったベクトルを管理会社に向ける者、果ては「このゲーム終わったな」など公の場で発言するなどのネガティブキャンペーンと呼ばれる行動もある。ただし、ユーザー側の問題については下記の依存症ばかり取り上げられる事が多く、上記の事象は滅多に取り上げられていない。
オンラインゲーム依存症となる人もいる。学校・仕事を辞め外出せず、睡眠もほとんど取らずにプレイする人も存在する。例えば、ラグナロクオンラインのヘビー・ユーザーとして知られる声優の植田佳奈が「現実世界は出稼ぎ、ネット社会が現実」と発言して物議を醸した例がある。そのような人々は「廃人」などと揶揄され、引きこもりやニートを生んでいるという意見もある。声優の緑川光のように廃人をも超越した存在として「超廃人」と呼ばれる人も存在する。ロシア・韓国・中国では過度のネットゲームのプレイを行ったことにより身体に極度の負荷がかかり死亡したというケースも存在する。韓国では2005年8月にインターネットカフェで連続50時間ネットゲームをプレイして死亡するという事件も起きており、アジア諸国では社会問題となり、タイや中国では法によりプレイ時間が規制されている。
オンラインゲーム大国と呼ばれる韓国のオンラインゲームの一部は、既存のゲームのモデリングなどを流用したものも見受けられる。例としてWebZenの『Wiki』が任天堂の『ゼルダの伝説 風のタクト』以降のデザインを盗作し、任天堂が韓国の提携会社を通じて公式の警告文を送った。またNexonの『カートライダー』が任天堂の『マリオカート』シリーズの盗作と非難され（中国ではそのカートライダーを更に盗作したゲームもあり、色々と問題が起きている）、ネオプル社の『新野球』がコナミの『実況パワフルプロ野球』の盗作とされコナミから提訴されるなど、韓国の著作権などの甘さを浮き彫りにしている側面もある。
『Seal Online』、『マビノギ』、『Master of Epic』等これまで月額課金を行っていたゲームが総じて接続無料のアイテム課金にシフトし始めている。アイテム課金に関しては韓国産オンラインゲームによく見られ、現金を使いアイテムを購入することでゲームプレイが有利になるように仕組まれている。逆に言えば同時期に始め、現金でアイテムを購入したユーザーとそうでないユーザーの間の差が広がりすぎること、それに伴いアイテムを現金で購入しなければゲームを楽しめないこと、接続無料によって気軽にゲームをプレイできる反面、外国人の出稼ぎプレイヤーや小学生など精神的に未熟なユーザーが多く流入し、今まで培ってきたゲームの雰囲気を壊すという問題もある。
ゲームになれたプレイヤー（いわゆる中級者）になると、ゲームに詰まった、上級者に勝てないと言う理由で初心者狩りを始めるプレイヤーもいる。 特に対戦を主眼とするオンラインゲームに多く、初心者離れを起こす原因となっている（特に『Gunz The Duel』などでこの現象が顕著である）。
中国や韓国では、オンラインゲーム上のトラブルが発端となり殺人事件にまで至ったケースが存在する。
また、2007年ごろから、感染するとゲーム内の通貨が盗まれてしまうコンピュータウィルスが多数出始めた。アカウントハックによるもの。